Nonostante la conferma dei
possessi ai Del Carretto, fatta da Federico II (1226), il marchesato, che
aveva il capoluogo in Finalborgo, subì il dominio di Genova accettandone
le convenzioni del 1290 e del 1340 e fu assoggettato nel 1385 con la sentenza
arbitrale di Antoniotto I Adorno, con la quale i Del Carretto ottennero un'investitura
parziale dei loro stessi feudi. La lite sfociò in una guerra (1447-1448),
che si concluse con l'incendio di Finalborgo e la vittoria di Genova sul marchese
Galeotto Del Carretto. Nel 1496 Alfonso I, ricorrendo all'imperatore, riottenne
da Massimiliano I la totale investitura del marchesato, riconfermata nel 1529
da Carlo V. La sollevazione popolare contro il malgoverno di Alfonso II Del
Carretto (1558) e contro il suo successore provocò nuove rivendicazioni
genovesi e riconferme imperiali, finché il governatore spagnolo di
Milano fece occupare il marchesato (1571), che passò alla Spagna nel
1602. L'acquisto da parte della Repubblica di Genova nel 1713 fu confermato
dalla Pace di Aquisgrana (1748) contro le rivendicazioni dei Savoia. Varigotti
è ricordata tra le località distrutte dai Longobardi di Rotari
(641), nel Medioevo appartenne ai marchesi Del Carretto di Finale. Nel 1341
i Genovesi, dopo la vittoria sul marchesato di Finale, ne interrarono e chiusero
il porto.